El único gol del encuentro fue obra del veterano delantero Roque Santa Cruz, de cabeza a los 37 minutos de juego.
La serie se definirá el próximo jueves en Barranquilla.
El ganador del duelo se las verá en la tercera fase con el vencedor de la llave entre el paraguayo Guaraní y Carabobo FC de Venezuela.
El cuadro de la "Franja Negra" fue asediado por el equipo visitante sobre su campo en los primeros 20 minutos.
Junior llegó peligroso con un golpe de cabeza de Yonny González, luego fue el turno de Luis Díaz y finalmente Luis Carlos Ruiz, quienes tuvieron sus posibilidades.
La organización de Yimmi Chará fue fundamental para incrementar las posibilidades del "Tiburón".
Sin embargo, los franjeados paraguayos comenzaron a desplazarse hacia adelante para generar oportunidades, especialmente a través de pelota parada.
Tras una falla de Yonatan Murillo en un pase del defensa olimpista Sergio Otálvaro a su compatriota Mauricio Cuero, éste avanzó por su andarivel derecho y realizó un centro perfecto para la entrada magistral de Santa Cruz, quien cabeceó donde quiso para vulnerar la portería juniorista.
Envalentonado por el gol, el "Decano" del fútbol guaraní se fue adelante con todo y nuevamente un centro desde la derecha de Cuero fue desperdiciado en forma increíble por William Mendieta quien entregó, de cabeza, la pelota al arquero Viera.
A los 54', Patiño quemó los guantes del portero Viera con un cañonazo de media distancia. Un minuto después, el colombiano de Olimpia Otálvaro pifió una magnífica ocasión para aumentar el marcador al pegar a medias una pelota de gol.
A partir de los 60 minutos, el Junior se fue al ataque a través del incansable Chará.
A los 68 minutos, el Junior estuvo a punto de anotar la paridad tras un centro desde la izquierda de Yimmi Chará que conectó Arias. Un manotazo providencial del arquero paraguayo Alfredo Aguilar despejó la oportunidad de anotar.
Un minuto más tarde, el volante argentino Santiago Rosales, que ingresó por William Mendieta, remató una pelota casi a quemarropa que despejó a duras penas el defensa colombiano Piedrahita.
En el contragolpe, el defensa franjeado José Leguizamón fue amonestado con tarjeta amarilla por falta contra el delantero Luis Carlos Ruiz.
A los 80 minutos, el arquero de Olimpia se consagró con una atajada memorable que detuvo el empate que buscó con pasión el equipo colombiano.
Ruiz fusiló a Aguilar a quemarropa pero este puso pecho y mandó la pelota al córner.
A los 83 minutos, el delantero Néstor Camacho remató un balón que se estrelló en el palo derecho del arco defendido por Viera.
A partir de ahí, las incidencias fueron de ida y vuelta que llevó la definición al límite, con jugadas que favorecieron a los locales para aumentar y a los visitantes para encontrar la paridad.
A los 87', Aguilar volvió a salvar de milagro el arco de los paraguayos luego de un remate raso pero potente de Jarlan Barrera tras una jugada preparada en forma individual por el hábil Chará.
Los toques del Junior no cesaron hasta el final a pesar del cansancio y de los contragolpes del Olimpia que, a su turno, no encontró el espacio suficiente para blindar el resultado.