En sus 15 años de carrera el jugador cuenta con una larga trayectoria, jugando en Colombia para Envigado FC, Millonarios, Medellín, Patriotas Boyacá y Tolima; también posee experiencia internacional que demostró en Avaí FC de Brasil y Real Sociedad de España (2ª división).

El logro más importante de Estrada ha sido el ascenso con Real Sociedad a primera división de la Liga española en 2010.

Al momento de vincularse al equipo, Johnatan Estrada manifestó que esta muy contento y motivado de estar en Junior, tiene muchas expectativas por triunfar y que con la ayuda de Dios tendrá un año positivo.

El volante antioqueño, es el séptimo refuerzo  de Junior para la temporada de 2017

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